現在、XOOPSのコアパッケージには大きく分けて３種類あります。

１．XOOPS2.0系列（JP版）では、2.0.16a JPが最新。
ダウンロード
http://prdownloads.sourceforge.jp/xoops/21281/

各種モジュールをパッケージにしたディストリビューション

・XOOPS for You　「xoops4u_2016jp_20061107」
http://prdownloads.sourceforge.jp/xoops4u/22623/

・chushokigyo.net「XOOPS 2.0.14 Suite」
http://www.chushokigyo.net/modules/mydownloads/


２．XOOPS2.0系列（本家版）では、XOOPS 2.0.17が最新。
ダウンロード
http://downloads.sourceforge.net/xoops/

３．XOOPS Cube Legacy2.1系列では、XOOPS Cube Legacy 2.1.2が最新。
ダウンロード
http://downloads.sourceforge.net/xoopscube/

・ホダ塾ディストリビューション（新規インストールするならこちらがお勧め）
http://hodajuku.org/


さて、相談があったのは、XOOPS Cube Legacy2.1系までアップデートする方法がわからないとのこと。（使っていたXOOPSのバージョンは2.0.13a ・・・　orz）

個人的な考えとしては、XOOPS2.0からXOOPS Cube Legacy2.1にすることを「アップデート」という言葉にはならないと思うのですが、相談があったので対処方法を紹介。
（言葉としては、アップグレードもしくは移行、変更、シフト、チェンジ、あたりか）

手順としては、
１．事前に念のため、すべてのデータをバックアップ
（すべてダウンロードしておく）
失敗しても元に戻せるようにするため

２．XOOPS 1.0.16aJP版までアップデート
アップデートハック版（2.0.X→2.0.16aJPハックバージョン) ZIP版
上書き。
自分でハック（修正）したファイルは取り除いておくこと。
（あるいは後から該当個所を上書き）

３．XOOPS Cube Legacy2.1系列アップグレード用パッケージを利用

XOOPS2.0系列からXOOPS Cube Legacy2.1系列するには、ホダ塾さんから公開されているアップグレードパッケージを利用すると便利です。

X2からのアップグレード用パッケージ
http://hodajuku.org/

ただし、モジュールによっては、動作しないモジュールもあるので、こちらで確認

XOOPSCubeLegacy/モジュール互換性情報 - XUGJ-Wiki

まずは、XOOPS2.0系列（JP版）の2.0.16a JPまで、アップデートすることが先決。
次に、XOOPS Cube Legacy2.1系列を適用させるには、バックアップしたデータを、ローカル（xsas xaio）か、実運用ではないサーバに移転（引越し）して、アップグレードを適用。
今使っているモジュールがきちんと動作するかどうか検証してから、本番環境でアップグレードをすることをお勧めします。